某個夏日，偵探團集體出動，搭上千鈞的車，前往海灘沖浪。其實，小五郎想要釣魚，就帶著小蘭一起來了。到了海灘后，小蘭帶著5個孩子抬著氣墊船興奮地呼喊著向海里沖去。千鈞獨自到海里潛水，毛利留在岸邊釣魚。千鈞在水下看得清楚，小蘭等人用力劃船，迎著海浪向遠處駛去，劃船的主力自然是小蘭和元太，大家身上都穿著救生衣。

孩子們和小蘭笑鬧之際，對面突然開來一艘快艇，飛速向氣墊船撞去，大家發出驚叫。駕駛快艇的是個帶著墨鏡皮膚黝黑的囂張男子，他身邊站著一位容貌姣好穿著淡紫色泳裝的美女，也蹲下身尖叫。于是，氣墊船就這樣傾覆了，小蘭和偵探團集體落水。男子將快艇開回來，看著從水下浮上來的眾人，摘下墨鏡，哈哈大笑，“抱歉，抱歉，你們沒事吧？我剛才在看旁邊，沒有注意你們。”

于是，大家搭上了男子的快艇，將氣墊船綁在快艇之后，高速駛離這里。孩子們，拼命呼救千鈞。千鈞掛斷電話，發現人都不見了，就獨自在岸邊高處欣賞漲潮的景色。腕表傳來柯南的呼救，千鈞聽完后，大驚失色，“有沒有搞錯，你們去救美女，怎么不喊我？我最喜歡英雄救美了！”柯南火大，“笨蛋，都什么時候，你還想著美女，快點來救人！”

千鈞也知道事態嚴重，“我馬上過去。不過，情況有些不妙，你們先往高處避一避……”柯南結束通話，讓大家不要擔心，千鈞馬上就過來。步美生氣哭道，“說起來很容易！”光彥也說，“等海水把這里填滿的話……”元太大吼，“我們肯定就要被淹死了。”文乃也道，“等怪哥哥過來，只能替我們收尸了。”柯南知道大家說的不錯，千鈞不可能立即出現，而且就算他過來，大家怎么離去呢？

步美發現了螢火蟲向洞窟深處飛去，柯南也奇怪，螢火蟲對水流方向都很挑剔的，這個一天會被海水填滿2次的洞窟，“怎么會？難道……”只有一個原因，洞窟那邊還有一個出口，螢火蟲是從那里進來的。柯南認為事到如今，只能向里面逃了。步美急忙提醒他，如果里面的出口，人是不能通過的話，大家就是甕中之鱉了。元太看了看自己的身體，“柯南，我們可不是螢火蟲啊！”

柯南解釋，千鈞曾經說過小五郎的魚是從池穴釣上來的，而毛利叔叔釣到的石鯛比淡水魚大很多，身體也沒有傷痕，可見出口沒那么小。那些魚就是黎明前滿潮的時候，從大海的方向游入洞窟，水滿后，魚就過去了。叔叔就在另一個出口處釣到了石鯛，那個池穴一定很大，所以不在海邊也能釣到海魚。千鈞還告訴過柯南一件事情，通常而言，人的腦袋能擠過去的縫隙，身體也是可以擠過去的，只要縫隙不是完全曲折的。

偵探團大聲稱贊柯南真有一套。繼續待在這里肯定會被淹死，大家相信柯南是對的，于是決定去試一試。順著洞窟向里走，步美尖叫，大家急忙詢問，原來只是上面的水滴落在步美身上。大家都松了一口氣，光彥道，“我還以為是什么呢？”元太也說，“你不要嚇人好不好？”步美有些羞澀，“對不起！”大家繼續前行，很快就迷路了。

元太著急，向前亂闖，結果撞到了石壁上。柯南建議大家跟著螢火蟲前進，只要有螢火蟲的地方就可以通到入口。偵探團分頭尋找螢火蟲，小忍逐漸恢復過來，大家一起出動。元太、光彥、文乃、小忍紛紛通報沒有找到，還好步美順利找到了螢火蟲，柯南下令出發。走之前，柯南用徽章通知千鈞，千鈞抱怨，“真是的，我已經到了洞窟外面了，還準備了快艇。”柯南苦笑，“現在回頭是來不及了。你到大叔釣魚的池穴接應我們吧！”千鈞無奈，只好潛水離去，登上快艇駛往岸邊。

偵探團繼續前行，走到了岔路口，面臨二選一的抉擇。這次沒有任何螢火蟲了，偵探團陷入困境。這一次，柯南使用了投石問路的方法，利用回聲來判斷是否有通路，回聲大的話就是死路，逐漸變小表示前面還有通路。水流逐漸進入，偵探團艱難前行。在一個寬闊的地方，聽到了群鳥飛鳴的聲音，柯南認為這些鳥是為了尋找食物進來的，現在正在朝著入口飛離而去。

柯南帶著大家急促奔跑，情況非常緊急了。飛鳥離去了，偵探團沒能追上，大家有些沮喪。小五郎和春日輝彥卻在池穴被突然飛出來的鳥群嚇了一大跳，大叔見春日在看表，春日說馬上就要到滿潮的時間了。岸邊，小蘭氣急敗壞地收拾行李，嘴里抱怨著這幫任性的家伙。突然，她想起柯南的叮囑，讓自己看住春日輝彥，“不好了，我忘了！”清理老頭走過來，叮囑小蘭把東西都帶走。小蘭急忙問他最大池穴在哪里？

這時，洞窟內的偵探團走入死路，最大的希望柯南，也束手無策了，偵探團驚叫出聲。此時，潮水洶涌而至。呼嘯而至的海水將眾人向深處沖去，瞬間孩子們的驚叫聲、呼喊聲響成一片，小忍也被激流沖走。很快，大家的手電筒也掉了，四周漆黑一片，步美和文乃尖聲驚叫。在不知不覺中，大家被水流沖到了洞窟的拱形上方，海水開始涌向另一個出口。但是，所有人都無法分清上下左右了，柯南看到了亮光，出口就在眼前。

小五郎和春日也看到了洶涌噴發的漲潮海水，不少海魚掉落在岸邊，小五郎大喜呼喝。但是，水流突然停止了。小五郎奇怪，春日輝彥卻悄悄拔出了身后的手槍。原來，元太太胖了，救生衣堵死了洞窟狹窄之處。偵探團再次面臨絕境，柯南情急之下，取下元太身上的拾貝工具劃破了救生衣，元太被巨大的水壓沖過狹窄出，大家順水而出。小五郎爬到洞口附近傾聽里面的奇怪聲音，元太很快就跟毛利來了一次親密接觸，二人驚叫著一起掉到池穴中。

隨后，順著高速的水流，柯南、文乃、光彥、步美依次沖出來，最后是穿著泳裝的小忍。大家從水中浮上來，大口喘氣，剛才差點憋死，終于得救了。看到小忍也浮上來，春日臉色劇變。小五郎也上來，“你們怎么回事？怎么會到這里來？你們到底從哪里沖過來的？”孩子們向上爬去，事實證明柯南的推理是正確的。

這時，春日輝彥手持手槍綁架了步美，“我早就想到可能發生這種事情，真被我料中了。”孩子們驚叫，小五郎大怒，“你到底想干什么？”春日舉起手槍，柯南急忙道，“你要是開槍的話，精心策劃的意外就白費了！”春日冷笑，“小鬼，你以為我不敢開槍嗎？我對付你們有足夠的子彈。我可是合法持有槍械的人員。”春日將槍口抵在步美頭上，步美驚恐大叫。小五郎和小忍都讓他住手，小忍惱怒，“你真正想殺的人是我，跟那個孩子沒有關系。”

春日氣惱，“這件事都怪你，你從世界上消失就沒事了。”小忍問他為什么要殺自己？原來，春日輝彥的父親給介紹了一位富家千金，并且已經順利訂婚。“我可不想離開家，跟你貧苦一輩子，我寧愿一輩子做我的大少爺。”小忍惱怒，“你太過分了！”柯南也很生氣，千鈞為何還沒有趕到，再這樣下去大家就都沒命了。春日哼了一聲，“你們都知道了真相，就沒有再利用你們的必要了。我就讓你們一起到海里喂魚吧！”

他的話音剛落，清理大爺和小蘭到了，老爺子惱怒扔出個垃圾瓶砸向春日，春日本能地閃避，藏在大石后的千鈞飛躍而出，七夕劍閃過，春日的手槍變成2截，步美也被千鈞趁勢抱走，隨后小蘭飛奔而至，攻出側旋踢，“我絕不原諒女人的敵人！”春日輝彥華麗地落在池穴中，偵探團一擁而上，擒住了昏迷的春日，“少年偵探團，大成功！”原來，柯南他們剛落水不久，千鈞就已經趕到了，但是春日提前抓住了步美，千鈞投鼠忌器，不敢輕舉妄動。不過，他做好了最壞的準備，手中的槍瞄準著春日的頭部。如果小蘭他們晚來一步，性命不保地將是春日輝彥，而不會是吉田步美。

佐藤和高木早就接到了千鈞的報警，飛馳趕到。剛好趕上收尾工作，讓佐藤非常郁悶。高木非常高興，將春日輝彥拷好后，塞入警車，一件功勞輕松拿到。佐藤吩咐高木去給孩子們做筆錄，她負責小忍、小蘭、千鈞和毛利小五郎、清理大爺的筆錄。高木苦笑著答應，他又要面對偵探團的夸張語言了。等到做完筆錄，天已經黑了。佐藤和高木開警車離去，小忍眼里都是落寞。

毛利非常悲慘，被清理大爺抓住猛批一通。大爺沒收了毛利偵探的釣具，然后把小五郎教訓了一個鐘頭，因為滿潮的時候湖面會跟著上升，池穴釣魚是很危險的。柯南好笑，“誰讓他去池穴釣魚的！”千鈞也道，“被人家罵也是活該！”小蘭和偵探團一起嘲笑大叔爬在地上求饒的丑態。本來傷心的小忍，也露出笑容。

尾聲，春日輝彥謀殺女友小忍未遂，綁架步美，意圖殺死偵探團眾人、毛利小五郎滅口，被法庭加重判處15年徒刑。少年偵探團破獲漲潮洞窟謀殺事件，警視廳給以c級獎勵，畢竟沒有人死亡。柯南問千鈞，“你為什么沒有開槍？這可不像你……”千鈞感慨，“還不是某人說過，不要輕易剝奪任何人的生命。再說了，目暮警部要是發現我再次擊斃犯人，肯定又要沒收我的持槍證和所有槍械子彈。話說回來，那位大爺再晚一下，你應該知道春日的悲慘結局。”柯南露出笑容，想起了被千鈞擊斃的沖田，春日輝彥的運氣真的很好。